随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
少年红英司因收到失踪已久的姊姊红绫香的一封信，潜入神秘富豪葛莱因‧桑德曼居住的[圣日耳曼城]去寻找姊姊， 却不巧碰上对地球觊觎已久的外星异种前来袭击，在桑德曼有计划的引导下，红英司便煳涂的与众人一起乘坐机器人-超重神打败了外星异种ゼラバイア。 事后，红英司以协助找到失踪姊姊的条件答应加入桑德曼为了对付外星异种而成立的[地球战骑队]；在一次次的危机中真相逐渐浮现，矇面的雷门以及桑德曼和莉露的真实身分呼之欲出，而外星异种ゼラバイア袭击地球的原因也慢慢被揭露。
